La Chapelle des reliques
Dans la grande niche du milieu, est exposée la relique du miracle du Saint-Sang, le corporal taché de sang provenant de la sainte Hostie. Elle est conservée dans un petit coffret incorporé dans l’ostensoir-reliquaire. Au début, la relique était enfermée dans un simple reliquaire en cuivre qu’on remplaça en 1555 par un magnifique ostensoir gothique. On voulut exprimer ainsi la relation entre le miracle eucharistique et le Saint Sacrement.
Le Saint Sang
Dans la grande niche située à l’arrière, est exposée la relique de la Vraie Croix. Cette relique insigne provient de l’illustre Abbaye de Floreffe, fondée par saint Norbert lui-même. Elle fut donnée à ce monastère  par le comte de Namur, Philippe le Noble, qui la tenait de son frère Baudouin, comte de Flandre, devenu empereur de Constantinople suite à la 4èmecroisade en 1204. Après la Révolution française, les chanoines survivants de Floreffe l’ont cédée à Bois-Seigneur-Isaac. La relique est exposée dans un reliquaire réalisé à la fin du XIXèmesiècle. Le reliquaire original, remontant au XIIIème siècle est un joyau de l’orfèvrerie gothique, exposée au Louvre à Paris.
Relique de la Sainte Croix
Dans la même niche, se trouve la pierre d’autel sur laquelle le curé de Haut-Ittre célébrait la Sainte Messe pendant laquelle se produisit le miracle. Sur le cadre on peut lire l’inscription : « Autel sur lequel est apparu le Saint Sang de Miracle d’une parcelle d’Hostie consacrée sur le corporal, le 5 juin 1405 ». En la regardant, il faut se souvenir que, en quelque sorte, sur chacun de nos autels coule chaque matin le Sang adorable de Notre Seigneur Jésus-Christ.
La Sainte Epine
Dans la niche de droite, une Epine de la Couronne de Notre Seigneur. Saint Louis,  roi de France, avait reçu cette Couronne lors de la 7ème croisade et avait érigé pour elle la Sainte Chapelle à Paris. Quelques épines furent données à des monastères. Celle-ci appartenait aux moniales Cisterciennes de Wauthier-Braine. L’abbesse Maximilienne Guillaume, après la suppression de son monastère par les Français, confia l’Epine à Bois-Seigneur-Isaac en 1825.
Relique de Saint Charbel
Dans la niche de gauche, se trouve un coffret en bois de Cèdres ciselé contenant une relique de Saint Charbel et cadre contenant le Sang qui a sointé de sa tête en 1950.
Il faut enfin noter sur le mur de droite la présence d’un crucifix de pierre ayant à chaque extrémité un boulet de canon. Ce crucifix évoque la présence silencieuse du Christ dans  les souffrances engendrées par tant de conflits sanglants et inutiles qui opposent les hommes entre eux
Un autre ensemble de reliques précieuses, conservées dans le musée du monastère, est celui des martyrs de la Légion thébaine, dont les membres, en même temps que leur commandant Saint Maurice, auraient été massacrés à la fin du 3èmesiècle pour avoir refusé d’abjurer la foi chrétienne.
La chapelle des reliques est un lieu de prière et de dévotion. Les pèlerins y entrent pour confesser leur foi en Jésus-Christ, qui a souffert sa Passion, qui est mort sur la Croix, qui nous a sauvés par son Précieux Sang. Dans cette chapelle, notre Rédempteur accueille ses frères et sœurs qui viennent lui confier leurs soucis. Six cents ans durant, les chrétiens se sont succédés dans ce lieu béni qui devint pour eux un havre de paix. En jetant leur regard plein de confiance sur la relique du miracle et sur les autres reliques, ils remettent dans les mains de Notre Seigneur tout ce qui  accable leur cœur. Après avoir récité leurs prières et reçu la bénédiction, ils s’en retournent soulagés, réconfortés et consolés dans leur foyer.